備忘録がてら、ggplot で svg形式ファイルを作る方法とリンクの埋め込み方法を書きます。 svg形式ファイルとは？ ggplotでの出力方法 svg形式ファイルへのリンク埋め込み お試し画像 svg形式ファイルとは？ svg形式ファイルは xmlをベースにしたベクター画像…

ロジスティック回帰の評価について。 【目次】 計算式等 計算例 プログラムコード 参考 前回で理論部分を取り扱った。その続きでモデルの評価方法。 cochineal19.hatenablog.com 計算式等 モデル評価には、大きく分けて「Discrimination（判別能力）」と「Ca…

ロジスティック回帰分析について。 【目次】 計算式等 ノート プログラムコード 交差エントロピー誤差の偏微分 参考 今回はモデル作成まで。モデルの評価は別記事で。 計算式等 ロジスティック回帰は二値分類（）で用いられる分析手法。モデル式は回帰分析と…

重回帰分析について。 【目次】 計算式等 ノート プログラムコード 偏回帰係数の詳細 参考 単回帰分析については次の記事。 cochineal19.hatenablog.com 計算式等 重回帰分析は、多変量 { } の関係を直線で求める分析方法。モデルは次のとおり。 ■ 重回帰モ…

単回帰分析について。 【目次】 計算式等 ノート プログラムコード 回帰係数の詳細 参考 計算式等 単回帰分析は、２変量 {x,y} の関係を直線（一次式）で求める分析方法。モデル、式は次のとおり。 ■ 単回帰モデル ■ 単回帰式 は切片（intercept）、 は回帰…

クロス表の連関係数について記載。 【目次】 計算式等 計算例 プログラムコード 参考 計算式等 次のクロス表で考える。 Outcome Total 0 1 Factor 1 a b AB 2 c d CD Total AC BD N ファイ係数（Phi coefficient） -1～１の値を取り、絶対値が１に近いほど関…

相関係数について。 【目次】 計算式等 計算例 プログラムコード ピアソンの相関係数と順位相関係数 参考 計算式等 2変量を x, y とし、x の順位を z、y の順位を w として考える。タイ（同一順位）は平均順位を用いる。 ピアソンの積率相関係数（Pearson pr…

クラスカル・ウォリス検定（Kruskal-Wallis test）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード 2標本でもKW検定 参考 クラスカル・ウォリス検定（KW検定）は３標本以上を評価するノンパラメトリックな手法。Wilcoxonの順位和…

Wilcoxonの順位和検定（Wilcoxon rank sum test）とマンホイットニーのU検定（Mann–Whitney U test）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード W統計量とU統計量の関係 参考 両方とも２標本の分布の位置のズレを評価するノ…

Cochran-Armitage test（コクラン-アーミテージ検定またはCA検定）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード その他 参考 CA検定は、割合の増加/減少傾向を評価する傾向性の検定。 検定の中身は、割合を目的変数とした回帰…

マンテル・ヘンツェルの検定（Mantel-Haenszel test）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード CochranとMantel and Haenszelの違い 参考 マンテル・ヘンツェルの検定は、 検定やFisher's Exact testと同じく、カテゴリー…

Fisher's exact testについて。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード 参考 Fisher's Exact testは 検定と同じく、カテゴリーデータの独立性を評価する手法。 cochineal19.hatenablog.com 帰無仮説、対立仮設 帰無仮説 対立仮設 要…

独立性の 検定について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 ノート プログラムコード Cochran's rule 参考 検定はカテゴリデータのクロス表（分割表、クロステーブル）で用いられる検定。 帰無仮説、対立仮設 帰無仮説 対立仮設 要因と結果の間に関係が…

傾向性検定（ヨンキー検定）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード ヨンキー検定とケンドールの順位相関 参考 Jonckheere-Terpstra trend test（ヨンクヒール-タプストラ検定、またはヨンキー検定）は目的変数が連続値の…

一元配置分散分析（One-way ANOVA）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 計算例 プログラムコード 残差平方和と水準間平方和の違い 参考 t検定 は２群の平均の差を評価するもの。３群以上の場合は、分散分析（ANOVA：ANalysis Of VAriance）が…

2標本の平均の差の検定（t検定）について。 【目次】 帰無仮説、対立仮設 計算式等 プログラムコード 参考 帰無仮説、対立仮設 帰無仮説 対立仮設 群間の平均に差があるかどうかを評価する。帰無仮設の「群aと群bの平均に差がない」は「平均の差がゼロである…

Rに限らず、プログラムファイルを見ると、いきなりコードを書き始める人もいますが、私は環境設定・データ取得・加工・出力はなるべくまとまりにすべきだと思っています。（そのほうがメンテナンス性が良いと思います。） ということで、R用テンプレートのメ…

Rscript.exeを使ったバッチ実行ツールの記事の続き。 記事その１はこちら。 【R言語＆Javascript】Rスクリプトをバッチ実行する（その１） - こちにぃるの日記 Rscript.exeで設定した引数の受け取り方法を解説。引数の設定は、次のとおり。 Rscript.exe [Rス…

Rscript.exeを使ったバッチ実行ツールの記事。 コマンドプロンプト上で、次のコマンドで実行できるが、Rスクリプトのファイルパスや引数情報を毎回手入力するのは面倒なので、javascriptを橋渡し役として使っている。（このコマンドだけではログ出力されない…

さて、R関係の初記事です。 もともとSASを使っていてSASマクロを使ったループが大変便利だったわけです。 Rはそこまで柔軟ではないものの、次の方法でループ処理できます。 loop1 <- c("A","B","C") A <- c(1,1,1) B <- c(2,2,2) C <- c(3,3,3) for (i in 1:…